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常规的生物处理法通过剩余污泥排放和处理可以从废水中去除部分磷，一些特殊工艺或经过调整运行方式以后具有除磷功能的普通工艺可以取得较好的除磷效果。
1.溶解氧
首先必须在厌氧区严控制的厌氧环境，这直接关系到聚磷菌的生长状况、释磷能力及利用有机基质合成PHB的能力。
其次是必须在好氧区供给足够的溶解氧，以满足聚磷菌对储存的PHB进行降解，释放足够的能量供其过量摄磷。一般厌氧段的DO要严格控制在0.2mg/L以下，而好氧段的DO要严格控制在2mg/L以上。
2.硝态氮
硝态氮包括硝酸盐和亚硝酸盐，硝态氮的存在也会消耗有机基质而抑制聚磷菌对磷的释放，从而影响好氧条件下聚磷菌对磷的吸收。
另外，硝态氮的存在会被部分聚磷菌作为电子受体进行反硝化，从未影响其以发酵产物作为电子受体进行发酵产酸、抑制聚磷菌的释磷和摄磷能力及PHB的合成能力。
3.温度&pH值
一般来说，在5~30℃范围内，都可以收到较好的除磷效果。
pH值在6~8范围内，磷的释放比较稳定。
4.BOD负荷和有机物性质
一般认为，进水中的BOD5/TP要大于15，才能保证聚磷菌有足够的基质，从而获得理想的除磷效果。为此，可以采用部分进水和跨越初沉池的方法，获得除磷所需的BOD5量。
泥龄：一般以除磷为目的的生物处理系统的泥龄控制在3.5~7d。
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