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城镇污水处理厂接纳医疗污水时，进水中可能存在过量余氯，导致活性污泥活性的降低或抑制，影响生物处理单元的正常运行，因此需对活性污泥性状加强观测，医院污水占比较高的污水厂还应对进水余氯进行监测。进水余氯含量较高时可采取适当增加污泥回流比，减少剩余污泥排放量，提高污泥浓度，适当增大曝气量的措施，必要时补充新鲜污泥，严重时需在污水进入生化系统前投加还原剂脱氯确保污水处理效果。 
氯能够杀死污水中的有害生物，也能够杀死天然水体中的有益生物，所以需要控制总余氯的量，并不是越多越好。换言之，污水处理单位在消毒剂尤其是含氯消毒剂的使用上，既要严守下限，足量投放，确保消毒杀菌效果；也要控好上限，适度投放，避免给水环境造成其他负面影响。 城镇污水处理厂应确保现有消毒单元稳定运行。对于未建消毒单元的污水处理厂，因地制宜增加应急消毒装置，如出水可采取投加含氯消毒剂或臭氧消毒装置等措施，保障充足消毒接触时间；对于采用紫外线消毒的，建议要加大紫外线辐照强度，或出水端临时增加含氯消毒设施；确保出水粪大肠菌群数指标达到《城镇污水处理厂污染物排放标准》（GB 18918-2002）要求。 加强污水处理监管，完善应急预案。密切关注污水厂进水余氯指标变化情况，及时采取有针对性的措施，确保出水达标。加强消毒工艺单元管控及尾水消毒工作，确保尾水特别是粪大肠菌群指标达到《城镇污水处理厂污染物排放标准》（GB18918-2002）。加强管网巡查，降低污水管网堵塞风险，确保管网系统畅通，发现问题及时上报、维修。运行管理和操作人员有可能接触到污水、污泥的生产区域（场所），加强卫生清扫的同时，还要对作业区、垃圾暂存区及周围环境进行喷洒消毒。运行管理人员应始终佩戴口罩和手套等防护用品，做到勤洗手、勤消毒、少触摸。
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